长州藩新藩主毛利元德宣布无条件投降，藩军立即停止抵抗。以松平容保、间部诠胜为首的幕府军，相继占领长州藩全境。中英法美荷五国联军，则分兵占据萩城和马关。

藩军立场转换之决绝、彻底，令联军大感疑惑。前一天，藩内武士还在叫嚣“全藩玉碎”，打算与联军决一死战。毛利元德宣布投降后，武士们就像完全变换了一个人，态度发生一百八十度的大转变，反而对联军卑躬屈膝。

此种疑问，在宋朝《资治通鉴》里便有论断。名相司马光在《资治通鉴》里论及日本，说日本人：“知小礼而无大义，拘小节而无大德，重未节而轻廉耻，畏威而不怀德，强必盗寇，弱必卑伏”。

联军最高统帅、中国全权代表、中国驻日公使陈至立，引用了这句话，向英法美荷等国公使解释日本人的转变，减轻了各国公使的疑忌。

8月29日，五国公使齐聚马关，开始商议战后如何处置长州藩。五国联合干涉长州藩，中国起到了决定性的作用，中队在登陆作战、门下町之战、山口城之战中歼灭了最多的藩军，牢牢控制了战局。

之前，中英法三国联军干涉萨摩藩时，英国为联军之首，发挥作用最大，主导了战后谈判。按照这种先例，中国将在处置长州藩问题上占据主导权。

在马关港奉行所，陈至立召集各国公使，率先拿出了条约草案，抛出了处置长州藩七条要点，得到了各国公使的认可。

一、中英美法荷五国公开承诺，支持日本的“公武合体”运动，反对“尊王攘夷”运动。五国不寻求颠覆日本政体，尊重日本的政治传统，尊重幕府在日本的主体地位。

二、日本之前途。五国认为，德川幕府应当担负起领导“公武合体”的重任，鼓励幕府以中英法三国为蓝本，建立一个君主立宪制的国家。

幕府应当放弃陈旧的观念，放弃敌视外国的错误观点，改变落后的文化制度，积极向中、英、法三国学习，主动开放通商。

特别是，日本与中国同文同祖，使用中国汉字为官方文字，应当积极学习中国的成功经验。

三、长州藩应向中英法美荷五国，赔款五百万元法币。萨摩藩赔偿中英法三国款项为三百万银元。长州藩性质更为恶劣，战争涉及范围更广，故把赔款增加至五百万法币。

法币与银元的比例为1：1。以法币为结算单位，也是各国对法币的认可。

这是一笔沉重的财政负担，主要以马关港海关收入、长州藩盐税、田税为担保，分二十年还清。年利息为百分之四，实际总赔款额度高达一干多万法币。

中英法美荷五国将从战争赔款中提存不少于三分之一的额度，用于改造长州藩、支持长州藩的战后重建、支付外队驻扎长州的费用。

四、解除长州藩的武装，除必要的警察力量外，长州藩不得再保留任何形式的武装力量。换言之，整个长州藩将成为一片不设防的区域。

马关改为自由港，中英法美荷五舰可自由靠泊马关，并可深入濑户内海。为了长州藩的长治久安，亦为了保护外国人的权益，中英法三国将在马关长期驻军。

原则上，中、英、法三国设在马关的驻军比例为4：3：3，总人数不超过两干人。驻军受到战争威胁，或情势紧急时，三国有权增加驻军。此为中英法三国的单方面权利，无需得到幕府将军、天皇的同意。

前二十年，驻军费用从战争赔款中支取。二十年后，驻军费用由日本当权者提供，以马关港关税收入为担保。

马关为下关海峡的咽喉，地理位置极为重要。马关之西为对马海峡，是日本西海岸进出中国黄海、东海、太平洋的必经之道。

马关之东为日本濑户内海，濑海内海沿岸涵盖了日本列岛四大岛之三，包括本州岛、四国岛、九州岛三个最为重要的岛屿。另一个大岛北海道岛，尚处于蛮荒状态，主要人口为虾夷人。

不难看出，一旦日本失去对马关海峡的控制权，将在国防上处于相当被动的地位。中国则可以凭借琉球、朝鲜济州岛、外东北海参崴、库页岛，全面掌握东亚海权，在战略上形成挤压日本之势。

五、改革藩政，将藩政大权逐步交还幕府。由中英法美荷五国主导，利用六年时间，对长州藩的军政体制实施彻底改革，主要区分委任统治、奉还版籍、废藩置县三个阶段。