少林寺内，与燕狂徒一同实现少林派和武当派两大门派屏弃成见，互相交流武学，以达到抗争邪道的目的。
岳飞被捕後，萧秋水毅然独闯「天牢」，过关斩将後，在最后一层从「铁索横江」朱顺水口中得知，岳飞已被押至「风波亭」。
萧秋水赶至「风波亭」，却亲眼见到两位同来救岳飞的知己被杀，痛不欲生，而勾结金国的「朱大天王」朱侠武暗里偷袭重伤了萧秋水，危急时刻，「三才剑客」联手弹奏一曲《满江红》，使萧秋水振作，击毙强敌。
但是萧秋水得知，在他赶赴「风波亭」的路上，昏君奸臣已在「天牢」杀害了岳飞。
而前去攻打「天牢」的结义兄弟邱南顾也不幸战死，红颜知己唐方却被「蜀中唐门」门主唐老太太囚禁，不许她再见萧秋水。
连番遭受打击的萧秋水，见宋室颓靡，祸亡无日，感叹於「入乡有党排宗泽，帷幄无人用岳飞」，只身飘然远去，「神州结义」也一蹶不振了。
当其时朝政日非，萧大侠虽不求闻达於诸侯，不见得也不管天下不平事，亦继续些游侠江湖，行侠仗义。
续传
在续传中，萧秋水为见唐方，独身闯「蜀中唐门」，萧秋水决斗唐老太太。
这一场战，萧秋水并不愿意，他是为见唐方而战，因唐老太太是障碍；也同时是为江湖而战，因唐老太太显然要使「唐门」变成独霸天下，暗中残害各大门派精英。
唐老太太则非杀萧秋水不可，萧秋水不死，万众归心，「唐门」称雄成泡影。
虽然，在决斗前，萧秋水独闯「唐门」的勇气，及与唐老太太共御「江南霹雳堂」的侵略，已使这一老一少两人，相惜相重——但决斗势在必行。
唐老太太自知并无把握可胜萧秋水，所以要求萧秋水在地牢一战，以该处有唐老太爷子为饵——其实这一战，唐老太太早已准备无论萧秋水赢输，都不能让他活著出去。
所以她毁碎了来时的机关。
而出路的机关，在里面的人，是断断开启不到的，纵萧秋水有盖世之能，也无法自内将这奇铁銹成的地狱穴破而出。
这一场决战，唐老太太虽然出动了唐老太爷子，但仍是杀不了萧秋水，唐老太太亦力竭而死，但她以最後暗器的威力，使得萧秋水一时失去了活动的能力，而历年在地底守护「唐老太爷子」的六名唐门死士：唐看、唐听、唐闻、唐感、唐舌、唐思，一拥而上，分别钳制萧秋水四肢，当时，唐看因激烈交战情况，被误伤而双目俱盲，神智丧失，反而得在机关未发前走出地道，唐思则在唐老太太最後一道暗器发出时毙命，本来「唐门六识」一齐出手，被他们所制住的人，不能想，不能吃，不能动，不能感，不能闻，不能视，形同废人，必死无疑。
可是，「唐门六识」己去其二，仅馀其四，只能够在萧秋水击败唐老太太后真力耗尽一时未复之际制佐他而已，要杀害萧秋水，却是不能。
唐老太太临终之前，尚不放心，这被江湖人称作「最有实力，最有神秘力量和武功最高的女人」，临终之前，说了如下的诅咒：
「萧秋水，虽然你有七十二变之能，过人之勇，助人之义，万世之功，都不能活著走出唐门地牢，我舍这条老命与你陪葬，除非天为之裂，地为之陷，唐门不复，圣人门徒七十二复出，以狂人燕某不世掌力，并有人为求你之复生而不惜死……方可破壁而出……」唐老太太说罢这一番话，狂笑而死。
她的诅咒完全应验，萧秋水从此在地牢中，因功力未复前被唐门四识所制，他既挣脱不出，但对方也杀不了他。
但他意识未灭，在牢中生涯，仍是可以思索，思念唐方；他的内功未失，虽不能发，却依然存在、休息。
这便是《蜀中唐门》故事中的「结局」。当然，那一场廝杀，是武林中最精彩凄厉的一战，是以才换来一代名侠的漫长等待。
经过七年生死磨难后，终于有情人终成眷属。
外传
中元夜，华山之巅，萧秋水列为生平奇险的三战之一：「天雷老人」之役，萧秋水与一生从未败过的「天雷老人」范式论剑，他的「天雷一式」也从未有人接得下，苦战一昼夜，「天雷一式」竟败在这位剑侠的一招下。
那一招正是武林中见所未见，却已风闻天下的：「惊天一剑」！萧秋水刺了那一剑后，「天雷老人」俯首称臣，从今以后，萧秋水再也没有出现过江湖。
萧秋水年老之后，见黑白二道，争持不已，于心不忍，便「单剑闹血河」，以垂幕之年，力战「血河派」高手，最后勇斗「血河派」历代以来未出之英杰「血踪万里」卫悲回，结果以「惊天一剑」把卫悲回打入龙门急流之中，但自己身受重伤，内力也大为耗损。
血河派弟子及「幽冥血奴」萧萧天等悲哀之余，惊战萧秋水，抑仍不敌，锐气大灭，萧秋水飘然而去后，但因受极重的内伤，另一方面在此场杀中心灰意懒，便不出江湖。
直至萧秋水欲觅传人，却遭人用毒暗算，受伤之余，遭「幽冥血奴」萧萧天万里寻仇，终于遇了萧秋水，都被萧秋水所击败，萧萧天旧恨新仇，痛斥萧秋水，萧秋水劫静静待他斥责完后，详述往事。萧秋水并无杀死萧易人，萧易人之死，乃咎由自取。
至于卫悲回之死，是公平决斗后，卫悲回失足落下龙门，并非萧秋水有意手刃。萧秋水说完后，即闭上双目，任由萧萧天处决，萧萧天因感于潇秋水为人，前嫌尽释，萧秋水飘然而去。
後再遇武林第一狂人「武林孤子」任狂，展开一场激闹，结果不知，萧秋水却从此未现江湖。
《血河车》最后部分，萧秋水至峨眉山怀念唐方的时候，竟然是人未到而风云为之色变！